Lech, Piast i pasiaste serce

Bojarski pochodzi z Częstochowy i na piłkarskich salonach pokazał się właśnie w barwach Rakowa, kiedy to zadebiutował w ekstraklasie w sezonie 1995/1996. Pierwszym meczem było domowe starcie z GKS-em Katowice, wygrane przez Raków 3:0. Trzeba przyznać, że w ekstraklasie pokazywał się dosyć epizodycznie i częściej zaczął występować dopiero po spadku częstochowian do II ligi. Jego kolejnym klubem był bijący się o powrót do ekstraklasy GKS Katowice. Po bardzo dobrej rundzie wiosennej i strzeleniu jedenastu goli, Bojarski bardzo przyczynił się do powrotu katowiczan do ekstraklasy.

W najwyższej klasie rozgrywkowej już nie miał aż takich liczb, ale swoją postawą zapracował na zimowy transfer do Legii Warszawa prowadzonej przez Franciszka Smudę. Niestety dla Bojarskiego był on tam jedynie zmiennikiem, a po przejęciu zespołu przed Dragomira Okukę nie dostawał już szans prawie w ogóle. Sezon 2001/2002 rozpoczął jeszcze w barwach stołecznego klubu, jednak ze względu na brak szansy na regularną grę Bojarski zdecydował się na wypożyczenie do innego klubu. Wybór padł na walczący o powrót do piłkarskiej elity Lech Poznań, czyli na warunki i sytuację, która w przeszłości najlepiej odpowiadała Bojarskiemu. Ostatecznie w Kolejorzu rozegrał zaledwie siedem spotkań i zdobył jedną bramkę (w wygranym starciu z Hutnikiem Kraków). Na rundę wiosenną powrócił już do ekstraklasy i reprezentował barwy RKS-u Radomsko. Co ciekawe zagrał w nim tylko trzy spotkania, w których strzelił dwa gole i obejrzał czerwoną kartkę.

Po nieudanej przygodzie z Legią Warszawa (chociaż dzięki występom z jesieni 2001 Bojarski jest zdobywcą mistrzostwa Polski oraz Pucharu Ligi) powrócił do Katowic i zaliczył swój najlepszy ligowy sezon w karierze. Zdobył dziewięć bramek, a ostatecznie GKS uplasował się na najniższym stopniu podium. Jego kolejnym klubem był zespół, z którym Marcin Bojarski jest najbardziej kojarzony, czyli Cracovia. Ponownie pomógł kolejnemu zespołowi w awansie do najwyższej klasy rozgrywkowej i przez cztery sezony był jednym z kluczowych zawodników Pasów. Jednak od kiedy stery w Cracovii przejął Stefan Majewski, Bojarski został odsunięty od gry i popadł w konflikt z trenerem. Konsekwencją tego był transfer do Piasta Gliwice, a w którym w sezonie 2008/2009 rozegrał dwadzieścia trzy spotkania i strzelił jednego gola.

Ostatni raz w ekstraklasie wystąpił w kwietniu 2009 roku, ponieważ następnie trafił do grającej poziom niżej Pogoni Szczecin, a jeszcze później do występującej w II lidze Puszczy Niepołomice. Jego ostatnim klubem był Orzeł Balin i właśnie wtedy został oskarżony o korupcję i zdyskwalifikowany na dziewięć miesięcy za udział w ustawianiu spotkania Cracovia-Zagłębie Lubin. Marcin Bojarski w wielu wywiadach podkreślał jak bardzo żałuje tamtego dnia i przyjęcia pieniędzy pomimo uczciwej gry. Wtedy zdecydował się zawiesić buty na kołku, jednak po jakimś czasie wznowił grę w Niemczech, w występującym na ósmym poziomie rozgrywkowym FC Blaubeuren. Ciekawostką jest to, że przez trzy lata występów w tym klubie zdobył ponad 150 bramek! Obecnie reprezentuje barwy TSV Albeck, w którym nie jest już tak bramkostrzelny. Łącznie w polskiej ekstraklasie wystąpił prawie dwieście razy i zaliczył 32 trafienia.